Visual Molecular Dynamics es un software de modelamiento molecular y visualización de estructuras, ampliamente empleado en el estudio estructural de proteínas, ADN y otras moléculas. Para el biólogo molecular moderno y científicos con interés en la estructura molecular VMD es una de las herramientas bioinformáticas con licencia académica fácil de usar para visualizar aspectos básicos de proteínas, además de tener un gran potencial para análisis sofisticados con más experiencia.
En el presente taller se realizará una serie de ejercicios enfocados al uso básico de VMD y los formatos estándar de datos estructurales de proteínas, principalmente archivos estándar PDB. Se hará énfasis en la representación estructural y el uso de estilos de trazos (draw style) aplicados a la representación de estructura secundaria y superficie molecular, también se introducirá al uso de selectores y su sintaxis, se empleará la aplicación de capas para obtener una visualización que permita el realce de datos estructurales representativos de las proteínas y con ello obtener una figura de alta calidad o realizar una animación.
En la medida de lo posible se introducirán ejercicios de análisis básicos como distancias atómicas y orientaciones moleculares.